root/trunk/src/core/org/pathvisio/model/GpmlFormat200X.java @ 3130

Revision 3130, 22.2 KB (checked in by martijn, 6 months ago)

Add "None" to list of available shape types. Double-click dlg for shapes,
to make it easier to add textlabel
  • Property svn:eol-style set to native
Line 
1// PathVisio,
2// a tool for data visualization and analysis using Biological Pathways
3// Copyright 2006-2009 BiGCaT Bioinformatics
4//
5// Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");
6// you may not use this file except in compliance with the License.
7// You may obtain a copy of the License at
8//
9// http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
10//
11// Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
12// distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
13// WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.
14// See the License for the specific language governing permissions and
15// limitations under the License.
16//
17package org.pathvisio.model;
18
19import java.util.ArrayList;
20import java.util.HashMap;
21import java.util.List;
22import java.util.Map;
23
24import org.bridgedb.DataSource;
25import org.jdom.Element;
26import org.jdom.Namespace;
27import org.pathvisio.model.PathwayElement.MAnchor;
28import org.pathvisio.model.PathwayElement.MPoint;
29
30/**
31 * GpmlFormat reader / writer for version 2007 and 2008A.
32 * Code shared with other versions is in GpmlFormatAbstract.`
33 */
34class GpmlFormat200X extends GpmlFormatAbstract implements GpmlFormatReader
35{
36        public static final GpmlFormatReader GPML_2007 = new GpmlFormat200X (
37                "GPML2007.xsd", Namespace.getNamespace("http://genmapp.org/GPML/2007")
38        );
39        public static final GpmlFormatReader GPML_2008A = new GpmlFormat200X (
40                "GPML2008a.xsd", Namespace.getNamespace("http://genmapp.org/GPML/2008a")
41        );
42
43        public GpmlFormat200X(String xsdFile, Namespace ns) {
44                super (xsdFile, ns);
45        }
46
47        private static final Map<String, AttributeInfo> ATTRIBUTE_INFO = initAttributeInfo();
48
49        private static Map<String, AttributeInfo> initAttributeInfo()
50        {
51                Map<String, AttributeInfo> result = new HashMap<String, AttributeInfo>();
52                // IMPORTANT: this array has been generated from the xsd with
53                // an automated perl script. Don't edit this directly, use the perl script instead.
54                /* START OF AUTO-GENERATED CONTENT */
55                result.put("Comment@Source", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
56                result.put("PublicationXref@ID", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "required"));
57                result.put("PublicationXref@Database", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "required"));
58                result.put("Attribute@Key", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "required"));
59                result.put("Attribute@Value", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "required"));
60                result.put("Pathway.Graphics@BoardWidth", new AttributeInfo ("gpml:Dimension", null, "required"));
61                result.put("Pathway.Graphics@BoardHeight", new AttributeInfo ("gpml:Dimension", null, "required"));
62                result.put("Pathway.Graphics@WindowWidth", new AttributeInfo ("gpml:Dimension", "18000", "optional"));
63                result.put("Pathway.Graphics@WindowHeight", new AttributeInfo ("gpml:Dimension", "12000", "optional"));
64                result.put("Pathway@Name", new AttributeInfo ("gpml:NameType", null, "required"));
65                result.put("Pathway@Organism", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
66                result.put("Pathway@Data-Source", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
67                result.put("Pathway@Version", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
68                result.put("Pathway@Author", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
69                result.put("Pathway@Maintainer", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
70                result.put("Pathway@Email", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
71                result.put("Pathway@License", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
72                result.put("Pathway@Copyright", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
73                result.put("Pathway@Last-Modified", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
74                result.put("Pathway@BiopaxRef", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
75                result.put("DataNode.Graphics@CenterX", new AttributeInfo ("xsd:float", null, "required"));
76                result.put("DataNode.Graphics@CenterY", new AttributeInfo ("xsd:float", null, "required"));
77                result.put("DataNode.Graphics@Width", new AttributeInfo ("gpml:Dimension", null, "required"));
78                result.put("DataNode.Graphics@Height", new AttributeInfo ("gpml:Dimension", null, "required"));
79                result.put("DataNode.Graphics@Color", new AttributeInfo ("gpml:ColorType", null, "optional"));
80                result.put("DataNode.Graphics@ZOrder", new AttributeInfo ("xsd:integer", null, "optional"));
81                result.put("DataNode.Xref@Database", new AttributeInfo ("gpml:DatabaseType", null, "required"));
82                result.put("DataNode.Xref@ID", new AttributeInfo ("gpml:NameType", null, "required"));
83                result.put("DataNode@BiopaxRef", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
84                result.put("DataNode@GraphId", new AttributeInfo ("xsd:ID", null, "optional"));
85                result.put("DataNode@GroupRef", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
86                result.put("DataNode@ObjectType", new AttributeInfo ("gpml:ObjectType", "Annotation", "optional"));
87                result.put("DataNode@TextLabel", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "required"));
88                result.put("DataNode@BackpageHead", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
89                result.put("DataNode@GenMAPP-Xref", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
90                result.put("DataNode@Type", new AttributeInfo ("gpml:DataNodeType", "Unknown", "optional"));
91                result.put("State.Graphics@relX", new AttributeInfo ("xsd:float", null, "required"));
92                result.put("State.Graphics@relY", new AttributeInfo ("xsd:float", null, "required"));
93                result.put("State.Graphics@Width", new AttributeInfo ("gpml:Dimension", null, "required"));
94                result.put("State.Graphics@Height", new AttributeInfo ("gpml:Dimension", null, "required"));
95                result.put("State.Graphics@Color", new AttributeInfo ("gpml:ColorType", null, "optional"));
96                result.put("State.Graphics@FillColor", new AttributeInfo ("gpml:ColorType", null, "optional"));
97                result.put("State.Xref@Database", new AttributeInfo ("gpml:DatabaseType", null, "required"));
98                result.put("State.Xref@ID", new AttributeInfo ("gpml:NameType", null, "required"));
99                result.put("State@BiopaxRef", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
100                result.put("State@GraphId", new AttributeInfo ("xsd:ID", null, "optional"));
101                result.put("State@GraphRef", new AttributeInfo ("xsd:IDREF", null, "optional"));
102                result.put("State@Style", new AttributeInfo ("gpml:StyleType", "Solid", "optional"));
103                result.put("State@TextLabel", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "required"));
104                result.put("State@StateType", new AttributeInfo ("xsd:string", "Unknown", "optional"));
105                result.put("State@ShapeType", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "required"));
106                result.put("Line.Graphics.Point@x", new AttributeInfo ("xsd:float", null, "required"));
107                result.put("Line.Graphics.Point@y", new AttributeInfo ("xsd:float", null, "required"));
108                result.put("Line.Graphics.Point@relX", new AttributeInfo ("xsd:float", null, "optional"));
109                result.put("Line.Graphics.Point@relY", new AttributeInfo ("xsd:float", null, "optional"));
110                result.put("Line.Graphics.Point@GraphRef", new AttributeInfo ("xsd:IDREF", null, "optional"));
111                result.put("Line.Graphics.Point@GraphId", new AttributeInfo ("xsd:ID", null, "optional"));
112                result.put("Line.Graphics.Point@ArrowHead", new AttributeInfo ("xsd:string", "Line", "optional"));
113                result.put("Line.Graphics.Point@Head", new AttributeInfo ("xsd:string", "Line", "optional"));
114                result.put("Line.Graphics.Anchor@position", new AttributeInfo ("xsd:float", null, "required"));
115                result.put("Line.Graphics.Anchor@GraphId", new AttributeInfo ("xsd:ID", null, "optional"));
116                result.put("Line.Graphics.Anchor@Shape", new AttributeInfo ("xsd:string", "ReceptorRound", "optional"));
117                result.put("Line.Graphics@Color", new AttributeInfo ("gpml:ColorType", "Black", "optional"));
118                result.put("Line.Graphics@ConnectorType", new AttributeInfo ("xsd:string", "Straight", "optional"));
119                result.put("Line.Graphics@ZOrder", new AttributeInfo ("xsd:integer", null, "optional"));
120                result.put("Line@Style", new AttributeInfo ("gpml:StyleType", "Solid", "optional"));
121                result.put("Line@GroupRef", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
122                result.put("Line@BiopaxRef", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
123                result.put("Line@GraphId", new AttributeInfo ("xsd:ID", null, "optional"));
124                result.put("Label.Graphics@CenterX", new AttributeInfo ("xsd:float", null, "required"));
125                result.put("Label.Graphics@CenterY", new AttributeInfo ("xsd:float", null, "required"));
126                result.put("Label.Graphics@Width", new AttributeInfo ("gpml:Dimension", null, "required"));
127                result.put("Label.Graphics@Height", new AttributeInfo ("gpml:Dimension", null, "required"));
128                result.put("Label.Graphics@Color", new AttributeInfo ("gpml:ColorType", null, "optional"));
129                result.put("Label.Graphics@FontName", new AttributeInfo ("xsd:string", "Arial", "optional"));
130                result.put("Label.Graphics@FontStyle", new AttributeInfo ("xsd:string", "Normal", "optional"));
131                result.put("Label.Graphics@FontDecoration", new AttributeInfo ("xsd:string", "Normal", "optional"));
132                result.put("Label.Graphics@FontStrikethru", new AttributeInfo ("xsd:string", "Normal", "optional"));
133                result.put("Label.Graphics@FontWeight", new AttributeInfo ("xsd:string", "Normal", "optional"));
134                result.put("Label.Graphics@FontSize", new AttributeInfo ("xsd:nonNegativeInteger", "12", "optional"));
135                result.put("Label.Graphics@ZOrder", new AttributeInfo ("xsd:integer", null, "optional"));
136                result.put("Label@Href", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
137                result.put("Label@PathwayRef", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
138                result.put("Label@BiopaxRef", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
139                result.put("Label@GraphId", new AttributeInfo ("xsd:ID", null, "optional"));
140                result.put("Label@GroupRef", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
141                result.put("Label@ObjectType", new AttributeInfo ("gpml:ObjectType", "Annotation", "optional"));
142                result.put("Label@Outline", new AttributeInfo ("xsd:string", "None", "optional"));
143                result.put("Label@TextLabel", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "required"));
144                result.put("Label@Xref", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
145                result.put("Label@GenMAPP-Xref", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
146                result.put("Shape.Graphics@CenterX", new AttributeInfo ("xsd:float", null, "required"));
147                result.put("Shape.Graphics@CenterY", new AttributeInfo ("xsd:float", null, "required"));
148                result.put("Shape.Graphics@Width", new AttributeInfo ("gpml:Dimension", null, "required"));
149                result.put("Shape.Graphics@Height", new AttributeInfo ("gpml:Dimension", null, "required"));
150                result.put("Shape.Graphics@Color", new AttributeInfo ("gpml:ColorType", "Black", "optional"));
151                result.put("Shape.Graphics@Rotation", new AttributeInfo ("gpml:RotationType", "Top", "optional"));
152                result.put("Shape.Graphics@FillColor", new AttributeInfo ("gpml:ColorType", "Transparent", "optional"));
153                result.put("Shape.Graphics@ZOrder", new AttributeInfo ("xsd:integer", null, "optional"));
154                result.put("Shape@Type", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "required"));
155                result.put("Shape@BiopaxRef", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
156                result.put("Shape@GraphId", new AttributeInfo ("xsd:ID", null, "optional"));
157                result.put("Shape@GroupRef", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
158                result.put("Shape@ObjectType", new AttributeInfo ("gpml:ObjectType", "Annotation", "optional"));
159                result.put("Shape@Style", new AttributeInfo ("gpml:StyleType", "Solid", "optional"));
160                result.put("Group@BiopaxRef", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
161                result.put("Group@GroupId", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "required"));
162                result.put("Group@GroupRef", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
163                result.put("Group@Style", new AttributeInfo ("xsd:string", "None", "optional"));
164                result.put("Group@TextLabel", new AttributeInfo ("xsd:string", null, "optional"));
165                result.put("Group@GraphId", new AttributeInfo ("xsd:ID", null, "optional"));
166                result.put("InfoBox@CenterX", new AttributeInfo ("xsd:float", null, "required"));
167                result.put("InfoBox@CenterY", new AttributeInfo ("xsd:float", null, "required"));
168                result.put("Legend@CenterX", new AttributeInfo ("xsd:float", null, "required"));
169                result.put("Legend@CenterY", new AttributeInfo ("xsd:float", null, "required"));
170                /* END OF AUTO-GENERATED CONTENT */
171
172                return result;
173        }
174
175        @Override
176        protected Map<String, AttributeInfo> getAttributeInfo()
177        {
178                return ATTRIBUTE_INFO;
179        };
180
181        private static final int CONVERSION = 15;
182       
183        private void mapDeprecatedAttribute(PathwayElement o, Element el, String key, String tag, String name)
184                throws ConverterException
185        {
186                String infoKey = tag + "@" + name;
187                if (!getAttributeInfo().containsKey(infoKey))
188                                throw new ConverterException("Trying to get invalid attribute " + infoKey);
189                String result = ((el == null) ? null : el.getAttributeValue(name));
190                if (result != null) o.setDynamicProperty(key, result);
191        }
192       
193        protected void updateMappInfoVariable(Element root, PathwayElement o) throws ConverterException
194        {
195                setAttribute("Pathway", "Copyright", root, o.getCopyright());
196        }
197
198        protected void mapMappInfoDataVariable (PathwayElement o, Element e) throws ConverterException
199        {
200                o.setCopyright (getAttribute("Pathway", "Copyright", e));
201        }
202
203        /**
204           Create a single PathwayElement based on a piece of Jdom tree. Used also by Patch utility
205           Pathway p may be null
206         */
207        public PathwayElement mapElement(Element e, Pathway p) throws ConverterException
208        {
209                String tag = e.getName();
210                ObjectType ot = ObjectType.getTagMapping(tag);
211                if (ot == null)
212                {
213                        // do nothing. This could be caused by
214                        // tags <comment> or <graphics> that appear
215                        // as subtags of <pathway>
216                        return null;
217                }
218
219                PathwayElement o = PathwayElement.createPathwayElement(ot);
220                if (p != null)
221                {
222                        p.add (o);
223                }
224
225                switch (o.getObjectType())
226                {
227                        case DATANODE:
228                                mapShapeData(o, e, "DataNode");
229                                mapColor(o, e);
230                                mapComments(o, e);
231                                mapDataNode(o, e);
232                                mapGraphId(o, e);
233                                mapGroupRef(o, e);
234                                mapBiopaxRef(o, e);
235                                mapAttributes(o, e);
236                                break;
237                        case STATE:
238                                mapShapeColor(o, e);
239                                mapStateData(o, e);
240                                mapColor(o, e);
241                                mapComments(o, e);
242                                mapGraphId(o, e);
243                                mapBiopaxRef(o, e);
244                                mapAttributes(o, e);
245                                break;
246                        case LABEL:
247                                mapShapeData(o, e, "Label");
248                                mapColor(o, e);
249                                mapLabelData(o, e);
250                                mapComments(o, e);
251                                mapGraphId(o, e);
252                                mapGroupRef(o, e);
253                                mapBiopaxRef(o, e);
254                                mapAttributes(o, e);
255                                break;
256                        case LINE:
257                                mapLineData(o, e);
258                                mapColor(o, e);
259                                mapGraphId(o, e);
260                                mapComments(o, e);
261                                mapGroupRef(o, e);
262                                mapBiopaxRef(o, e);
263                                mapAttributes(o, e);
264                                break;
265                        case MAPPINFO:
266                                mapMappInfoData(o, e);
267                                mapBiopaxRef(o, e);
268                                mapComments(o, e);
269                                mapAttributes(o, e);
270                                break;
271                        case SHAPE:
272                                mapShapeData(o, e, "Shape");
273                                mapShapeColor (o, e);
274                                mapColor(o, e);
275                                mapComments(o, e);
276                                mapShapeType(o, e);
277                                mapGraphId(o, e);
278                                mapGroupRef(o, e);
279                                mapBiopaxRef(o, e);
280                                mapAttributes(o, e);
281                                break;
282                        case LEGEND:
283                                mapSimpleCenter(o, e);
284                                break;
285                        case INFOBOX:
286                                mapSimpleCenter (o, e);
287                                break;
288                        case GROUP:
289                                mapGroupRef(o, e);
290                                mapGroup (o, e);
291                                mapComments(o, e);
292                                mapBiopaxRef(o, e);
293                                mapAttributes(o, e);
294                                break;
295                        case BIOPAX:
296                                mapBiopax(o, e);
297                                break;
298                        default:
299                                throw new ConverterException("Invalid ObjectType'" + tag + "'");
300                }
301                return o;
302        }
303
304        protected void mapShapeType(PathwayElement o, Element e) throws ConverterException
305        {
306                o.setShapeType (ShapeType.fromGpmlName(getAttribute("Shape", "Type", e)));
307                String style = getAttribute ("Shape", "Style", e);
308        o.setLineStyle ((style.equals("Solid")) ? LineStyle.SOLID : LineStyle.DASHED);
309        Element graphics = e.getChild("Graphics", e.getNamespace());
310
311        String rotation = getAttribute("Shape.Graphics", "Rotation", graphics);
312        double result;
313        if (rotation.equals("Top"))
314        {
315                result = 0.0;
316        }
317        else if (rotation.equals("Right"))
318                {
319                result = 0.5 * Math.PI;
320                }
321        else if (rotation.equals("Bottom"))
322        {
323                result = Math.PI;
324        }
325        else if (rotation.equals("Left"))
326        {
327                result = 1.5 * Math.PI;
328        }
329        else
330        {
331                result = Double.parseDouble(rotation);
332        }
333        o.setRotation (result);
334        }
335
336        protected void mapLabelData(PathwayElement o, Element e) throws ConverterException
337        {
338                o.setTextLabel (getAttribute("Label", "TextLabel", e));
339        Element graphics = e.getChild("Graphics", e.getNamespace());
340
341        String fontSizeString = getAttribute("Label.Graphics", "FontSize", graphics);
342        o.setMFontSize (Integer.parseInt(fontSizeString) / CONVERSION);
343
344        String fontWeight = getAttribute("Label.Graphics", "FontWeight", graphics);
345        String fontStyle = getAttribute("Label.Graphics", "FontStyle", graphics);
346        String fontDecoration = getAttribute("Label.Graphics", "FontDecoration", graphics);
347        String fontStrikethru = getAttribute("Label.Graphics", "FontStrikethru", graphics);
348
349        o.setBold (fontWeight != null && fontWeight.equals("Bold"));
350        o.setItalic (fontStyle != null && fontStyle.equals("Italic"));
351        o.setUnderline (fontDecoration != null && fontDecoration.equals("Underline"));
352        o.setStrikethru (fontStrikethru != null && fontStrikethru.equals("Strikethru"));
353       
354        String outline = getAttribute("Label", "Outline", e);
355                if ("None".equals(outline)) o.setShapeType(ShapeType.NONE);
356                else if ("Rectangle".equals(outline)) o.setShapeType(ShapeType.RECTANGLE);
357                else if ("RoundedRectangle".equals(outline)) o.setShapeType(ShapeType.ROUNDED_RECTANGLE);
358
359        o.setFontName (getAttribute("Label.Graphics", "FontName", graphics));
360        }
361       
362        protected void mapShapeData(PathwayElement o, Element e, String base) throws ConverterException
363        {
364                Element graphics = e.getChild("Graphics", e.getNamespace());
365        o.setMCenterX (Double.parseDouble(getAttribute(base + ".Graphics", "CenterX", graphics)) / CONVERSION);
366        o.setMCenterY (Double.parseDouble(getAttribute(base + ".Graphics", "CenterY", graphics)) / CONVERSION);
367                o.setMWidth (Double.parseDouble(getAttribute(base + ".Graphics", "Width", graphics)) / CONVERSION);
368                o.setMHeight (Double.parseDouble(getAttribute(base + ".Graphics", "Height", graphics)) / CONVERSION);
369                String zorder = graphics.getAttributeValue("ZOrder");
370                if (zorder != null)
371                        o.setZOrder(Integer.parseInt(zorder));
372        }
373
374        protected void mapDataNode(PathwayElement o, Element e) throws ConverterException
375        {
376                o.setTextLabel    (getAttribute("DataNode", "TextLabel", e));
377                mapDeprecatedAttribute(o, e, "org.pathvisio.model.BackpageHead", "DataNode", "BackpageHead");
378                o.setDataNodeType (getAttribute("DataNode", "Type", e));
379                Element xref = e.getChild ("Xref", e.getNamespace());
380                o.setGeneID (getAttribute("DataNode.Xref", "ID", xref));
381                o.setDataSource (DataSource.getByFullName (getAttribute("DataNode.Xref", "Database", xref)));
382        }
383
384        protected void mapStateData(PathwayElement o, Element e) throws ConverterException
385        {
386        String ref = getAttribute("State", "GraphRef", e);
387        if (ref != null) {
388                o.setGraphRef(ref);
389        }
390
391        Element graphics = e.getChild("Graphics", e.getNamespace());
392
393        o.setRelX(Double.parseDouble(getAttribute("State.Graphics", "relX", graphics)));
394        o.setRelY(Double.parseDouble(getAttribute("State.Graphics", "relY", graphics)));
395                o.setMWidth (Double.parseDouble(getAttribute("State.Graphics", "Width", graphics)) / CONVERSION);
396                o.setMHeight (Double.parseDouble(getAttribute("State.Graphics", "Height", graphics)) / CONVERSION);
397
398                //TODO
399                //StateType
400                // ShapeType???
401                // Line style???
402                // Xref???
403        }
404
405        protected void mapLineData(PathwayElement o, Element e) throws ConverterException
406        {
407        String style = getAttribute("Line", "Style", e);
408        o.setLineStyle ((style.equals("Solid")) ? LineStyle.SOLID : LineStyle.DASHED);
409               
410        Element graphics = e.getChild("Graphics", e.getNamespace());
411
412        List<MPoint> mPoints = new ArrayList<MPoint>();
413
414        String startType = null;
415        String endType = null;
416
417        List<Element> pointElements = graphics.getChildren("Point", e.getNamespace());
418        for(int i = 0; i < pointElements.size(); i++) {
419                Element pe = pointElements.get(i);
420                MPoint mp = o.new MPoint(
421                        Double.parseDouble(getAttribute("Line.Graphics.Point", "x", pe)) / CONVERSION,
422                        Double.parseDouble(getAttribute("Line.Graphics.Point", "y", pe)) / CONVERSION
423                );
424                mPoints.add(mp);
425                String ref = getAttribute("Line.Graphics.Point", "GraphRef", pe);
426                if (ref != null) {
427                        mp.setGraphRef(ref);
428                        String srx = pe.getAttributeValue("relX");
429                        String sry = pe.getAttributeValue("relY");
430                        if(srx != null && sry != null) {
431                                mp.setRelativePosition(Double.parseDouble(srx), Double.parseDouble(sry));
432                        }
433                }
434
435                if(i == 0) {
436                        startType = getAttribute("Line.Graphics.Point", "ArrowHead", pe);
437                        endType = getAttribute("Line.Graphics.Point", "Head", pe);
438                } else if(i == pointElements.size() - 1) {
439                        /**
440                        read deprecated Head attribute for backwards compatibility.
441                        If an arrowhead attribute is present on the other point,
442                        it overrides this one.
443                         */
444                        if (pe.getAttributeValue("ArrowHead") != null)
445                        {
446                                endType = getAttribute("Line.Graphics.Point", "ArrowHead", pe);
447                        }
448                }
449        }
450
451        o.setMPoints(mPoints);
452                o.setStartLineType (LineType.fromName(startType));
453        o.setEndLineType (LineType.fromName(endType));
454       
455        String connType = getAttribute("Line.Graphics", "ConnectorType", graphics);
456        o.setConnectorType(ConnectorType.fromName(connType));
457
458        String zorder = graphics.getAttributeValue("ZOrder");
459                if (zorder != null)
460                        o.setZOrder(Integer.parseInt(zorder));
461
462        //Map anchors
463        List<Element> anchors = graphics.getChildren("Anchor", e.getNamespace());
464        for(Element ae : anchors) {
465                double position = Double.parseDouble(getAttribute("Line.Graphics.Anchor", "position", ae));
466                MAnchor anchor = o.addMAnchor(position);
467                mapGraphId(anchor, ae);
468                String shape = getAttribute("Line.Graphics.Anchor", "Shape", ae);
469                if(shape != null) {
470                        anchor.setShape(AnchorType.fromName(shape));
471                }
472        }
473        }
474
475        protected void mapSimpleCenter(PathwayElement o, Element e)
476        {
477                o.setMCenterX (Double.parseDouble(e.getAttributeValue("CenterX")) / CONVERSION);
478                o.setMCenterY (Double.parseDouble(e.getAttributeValue("CenterY")) / CONVERSION);
479        }
480
481}
Note: See TracBrowser for help on using the browser.